Скрытый конфликт с новым руководством министерства практически совпадает с негативным развитием событий в Смольном институте. Вопросы здоровья и научные интересы перевешивают другие аргументы. В этой ситуации бороться с системой у Ушинского нет пока сил. Практически одновременно со сменой руководства в министерстве он уходит из журнала. Однако, Ушинский не стесняется в выражениях, характеризуя свою деятельность новому министру и именуя журнал «бесхарактерным», «официальным хламом», который он нашел в «жалком виде» [Т. 11. С. 304].
Моральный выбор
Сотрудничество в педагогических журналах: продвигать идеи или снискать легкую славу
После переезда в Санкт-Петербург ты сотрудничаешь с журналами «Современник» (1852—1854) и «Библиотека для чтения» (1854—1855), приобретаешь авторитет талантливого журналиста и писателя. После успеха статьи «О пользе педагогической литературы» (1857 г.). ты становишься постоянным автором «Журнала для воспитания», где развиваешь свои взгляды на систему воспитания и образования в России. Так в статье «Три элемента школы» ты сформулировал задачи на ближайшее будущее: обеспечить неразрывность воспитания и обучения. «О народности в общественном воспитании» - ещё одна статья, которую ты опубликовал в «Журнале для воспитания» в 1857 году. В ней ты сформулировал понятие «народного воспитательного идеала», который должен стать и ориентиром развития системы образования.
Благоволение императрицы известно чиновникам от образования и тебе с марта 1960 г. доверяют редактировать официальный «Журнал Министерства народного просвещения». Ты можешь оставить издание неизменными, сохранив его консервативный характер, и публиковать только «проходные» тексты об успехах развития образования в Российской империи. С другой стороны, у тебя есть шанс превратить журнал в площадку для обсуждения новых течений и идей в педагогике.

Развитию этой тенденции помешала смена руководителя министерства народного просвещения. Вместо А.В. Головина в ноябре 1861 г. должность министра занял более консервативный граф Путятин. Он рассматривал журнал не как место публикации прогрессивных идей, а как сборник универсальных руководств, рекомендаций, регламентов министерства в адрес учителей.
Тем не менее, министр настаивает, чтобы журнал издавался на прежних основаниях. Уход с поста редактора позволяет Ушинскому сохранить за собой право публикации результатов своих научно-педагогических изысканий. Отъезд за границу и официальный статус исследовательской командировки позволяют ему сосредоточиться на сборе эмпирических данных о развитии женского образования в западно-европейских странах и на написании своего главного концептуального труда по педагогической антропологии.